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1、无毒性:GelRed独特的油性大分子特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内,艾姆斯氏试验结果也表明, 该染料的诱变性远远小于EB。
2、灵敏度高:适用于各种大小片段的电泳染色,对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。
3、稳定性高:适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶;室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定, 耐光性强。
4、信噪比好:样品荧光信号强,背景信号低,荧光强度是EB的十倍以上,肉眼可观测到亮度明显比EB强。
5、操作简单:与EB一样,在预制胶和电泳过程中染料不降解;而电泳后染色过程也只需30分钟且无需脱色或冲洗,即可直接用紫外凝胶透射仪观察。
6、适用范围广:可选择电泳前染色(胶染法)或电泳后染色(泡染法);适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳;可用于dsDNA、ssDNA或RNA染色。
7、完美兼容:与EB有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置: 标准的EB滤光片或SYBR滤光片都适用,使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可,在300nm 紫外光附近可得到最佳激发。但是GelRed不能被488 nm氩离子激光器或相似波长的可见光完全激发,因此不推荐使用此类激发装置的成像系统。对于此类装置,我们推荐您使用GelGreen,它和SYBR Green I的光谱相似,灵敏度相当, 但更加稳定。
操作流程
1、胶染法(用法同EB) (推荐方法)
(1)制胶时加入GelRed核酸染料(例如:每50 mL琼脂糖溶液中加入5μL GelRed 10000×储液, 以此比例类推)。
(2)按照常规方法进行电泳。
2、泡染法
(1)按照常规方法进行电泳。
(2)用H2O将GelRed 10000×储液稀释约3300倍到0.1 M NaCl中,制成3×染色液。(例如将15μL GelRed 10000×储液和5mL 1 M NaCl加到45 mL H2O中)。
(3)将凝胶小心地放入合适的容器中,如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3×染色液浸没凝胶。室温振荡染色30 min左右,最佳染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5~10%丙烯酰胺的凝胶,染色时间通常介于30 min到1h,并随丙烯酰胺含量增加而延长。
注意事项
1、染胶法
(1)由于GelRed具有良好的热稳定性,可以在热的琼脂糖溶液中直接添加,而不需要等待溶液冷却。摇晃,振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将GelRed储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中,然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。 GelRed兼容所有常用的电泳缓冲溶液。
(2)如果总是看到条带弥散或分离不理想,建议使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在,则说明问题与染料无关,请尝试:降低琼脂糖浓度;选用更长的凝胶;延长凝胶时间以保证边缘清晰;改进上样技巧或选择泡染法染色。
(3)此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶,对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。
2、泡染法
(1)用泡染法染色时,染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右。 3×GelRed染色液可以大量制备,在室温下避光保存直至用完。
(2)如果您使用的是紫外成像仪,请选择GelRed;如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测,请选择GelGreen。
(3)在极少数情况下,质粒经某些酶切后的 DNA 样品会出现拖尾和分辨率降低, 此时建议同时尝试两种染色方法以决定哪种方法更加合适。