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1,引物的纯化方式及应用
该引物为RPA纯化的DNA单链,可满足常规PCR、染料法qPCR、一代测序、NGS、基因合成和基因亚克隆等下游实验应用。
2,引物合成单位
OD 单位:指在 1ml 体积 1cm 光程标准比色皿中,260 nm 波长下吸光度为 1 的 Oligo 溶液定义为 1OD260 单位。对于常规单链 DNA,1OD≈33 µg。
nmol 单位:摩尔是表示物质的量的单位,每摩引物含有阿伏加德罗常数个物质。1 摩尔等于 10 的 9 次 方纳摩尔。
OD 与 nmol 转换关系:nmol/OD=106 / 摩尔消光系数,对于长度 20 mer 的引物,1OD≈5 nmol。
MW= (A × 313.209) + (C × 289.184) + (G × 329.208) + (T × 304.196) - 61.964 ACGT代表各自核苷酸残基的数量
3,引物的保存
液体(TE buffer):-20℃, >1年; 4℃,>1个月。干粉:-20℃, >2年; 4℃,>6个月。
建议将储存液(100 μM)小量多管储存于-20°C 即取即用。如短期内使用,也可稀释成工作液(10 μM)临时保存于 4°C。
4,引物的参数
4.1长度,指寡核苷酸链中单核苷酸残基的数量,如果修饰基团属于单核苷酸残基类似物,则也算做在内。(比如序列为 ATATTCGTAC,其长度为10mer,mer 是 Monomerie Μnit 的缩写,也有使用 nt 或 base 为单位的。
4.2GC含量,寡核苷酸链中鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)核苷酸的摩尔百分比。(比如10 mer 的引物链含有 3 个 G 和 C, 因此其 GC 含量为 30%。)
4.3Tm值, 熔解温度(Melting Temperatμre, Tm)是指体系中有 50%的引物与其模板互补配对时的温度。
5,引物序列的获取
5.1 数据库调取:primerbank官网:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
5.2文献中调取: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=primer++human+il6+&filter=datesearch.y_5
5.3引物合成公司免费设计
引物一般储存液(100 μM)和工作液(10 μM),按储存液配制。
1,离心干粉:将引物离心管按4,000 rpm,30~60 s 离心。
2,溶解干粉:推荐使用 TE Buffer,或超纯水。将1OD引物管中加入大约500ul, 收到引物时管子会标注加入溶液的量。
3,混匀:重新盖上盖,放置于旋涡震荡仪上充分混匀。
4,保存:暂时不用或长期储存请放入-20°C 冷冻,并做适当分装以减少冻融次数。