用福尔马林固定组织会导致RNA-RNA和RNA-蛋白质的交联，这会影响RNA在酶学分析中的性能。FFPE样本固定和包埋同样会导致核酸的严重片段化。

RNeasy DSP FFPE Kit专为临床从福尔马林固定、石蜡包埋的组织切片而设计，有IVD证。样本脱蜡后（ 试剂盒含Deparaffinization Solution，cat：19093），使用蛋白酶K裂解样本仅需15分钟。裂解后，样本在80ºC下孵育15分钟，逆转福尔马林对RNA的修饰。并且将RNA从组织切片中有效释放出来，防止RNA的进一步降解。试剂盒同样使用DNase和DNase Booster Buffer优化，去除基因组DNA的污染。使用RNeasy MinElute离心柱纯化获得的总RNA，洗脱体积可小至10 μl，回收得到的完整RNA最小可达70 nt，并且几乎没有基因组DNA的污染，整个RNeasy FFPE操作流程可在85分钟内完成。

RNeasy FFPE Kit可纯化FFPE 样本中所有大于70 nt RNA（更小片段的RNA，推荐使用miRNeasy FFPE Kit，cat:217504），得到适用于RT-PCR等众多下游应用的RNA片段。但是，从FFPE样本中纯化得到的RNA会严重片段化，不能用于需要完整RNA的下游应用。如果使用片段化RNA可能需要做些修饰（例如在RT-PCR时设计小的扩增子）。进行cDNA合成时，不能使用oligo-dT引物，使用基因特异性引物或随机九聚体而不是寡聚-dT引物，因为mRNA多聚A尾可能由于降解而丢失。