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2X SDfusion master mix 能够为大部分PCR应用同时提供高保真性,强大的扩增能力和更快的延伸速度。SDfusion DNA 聚合酶由Pyrococcus样校正聚合酶与DNA结合结构域融合形成。其独特的结构,一种新型Pyrococcus样酶与具有增强合成能力的结构域融合,提高了保真度和延伸速度。高保真度使得SDfusion DNA聚合酶成为分子克隆或其他后续应用的较优选择。SDfusion DNA聚合酶是具有最高的保真度的DNA聚合酶中的一个,其错误率比Taq DNA聚合酶低50倍,比Pyrococcus Furious DNA聚合酶低6倍。
SDfusion DNA 聚合酶具有5’→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性。它会在扩增产物两端产生平端,而没有A突出(A突出通常出现在用Taq聚合酶扩增的产物中)。在实验中我们的SDfusion聚合酶能够扩增长达20.1kb的基因组片段。在PCR反应中,SDfusion DNA 聚合酶的延伸速率约为15-30sec/kb(取决于基因的复杂性)。
2X SDfusion master mix 是一种即用型2×预混液,其中包含聚合酶、dNTP,和已经优化的缓冲系统。
1. 在冰上进行实验操作我们建议将所有反应组分放在冰上。打开产品后确认全部解冻,以确保均一性。
由于该酶具有3'→5'核酸外切酶活性,在缺乏dNTP的情况下也许可能降解引物,因此2X SDfusion master mix 应最后添加到PCR混合物中。
由于SDfusion DNA 聚合酶的性质,请注意使用SDfusion DNA 聚合酶的实验操作指南,可能与其他聚合酶的指南不同。
组分 | 20uL体系 | 50uL体系 | 终浓度 |
ddH2O | To 20μL | To 50μL | |
10uM Forward Primer | 0.8uL | 2uL | 0.4uM |
10uM Reverse Primer | 0.8uL | 2uL | 0.4uM |
Template variable | variable | variable | <250ng |
2X SDfusion master mix | 10uL | 25uL | 1X |
A. 推荐的最终引物浓度为0.4uM,但可以在0.2-1.0uM范围内变化,您可以调整浓度。一般推荐寡核苷酸引物长度在20-40bp之间,理想的GC含量为40-60%。
B. 使用高质量纯化的DNA模板可以大大提高PCR反应的成功率。对于低复杂度DNA(例如质粒,病毒,λ或BAC DNA),DNA模板量可以在每50μL反应体积1pg-10ng之间。对于高复杂度的基因组DNA,每50μL反应体积DNA模板量应为50-250ng。如果从cDNA合成反应中获得模板DNA,则模板的体积不应超过最终PCR反应体积的10%。
2. 轻柔的混匀反应体系,并在离心机中离心。实验者应迅速混合并离心PCR管,并将反应体系转移至预热至变性温度(98℃)的PCR仪。如果PCR仪没有热盖,请使用矿物油覆盖样品。
3. PCR循环条件
Temperature | Time | Cycles | |
Initial denaturation | 98℃ | 30sec-1min | 1 |
Denaturation | 98℃ | 10sec | variable |
Annealing | 55-58℃ | 15-30sec | |
Extension | 72℃ | 15–30sec/kb | |
Final extension | 72℃ | 2min | 1 |
Hold | 4℃ | +∞ | 1 |
A. 对于≤10kb模板,我们建议在98°C下进行30sec的预变性。对于≥10kb的模板,我们建议在98℃下进行1min的预变性。
B. SDfusion DNA聚合酶的最佳退火温度可能与基于Taq的聚合酶明显不同。SDfusion DNA聚合酶具有稳定引物-模板杂交的能力。通常建议在55-58°C下退火15–30S。如果在该温度下没有获得理想的产物或产量,请使用温度梯度为每种模板-引物对组合找到最佳退火温度。
C. 延伸时间取决于扩增子的长度和复杂性。对于低复杂度的DNA(例如质粒,病毒,λ或BAC DNA),每1kb使用15秒的延伸时间。对于高复杂度的基因组DNA,建议每1kb 30S。对于一些 cDNA模板,延伸时间可以增加到每1kb 40S,以获得最佳结果。(对于大部分模板,可以使用每1kb 20S。)
4. 电泳如果需要对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,我们的产品GelRed(Cat:SDM0006)可供您选择。