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由于成熟体miRNA序列极短，普通miRNA探针存在2大问题：1，与靶向miRNA的亲合力受miRNA序列中GC含量差异而差别很大；2，miRNA同源性高：前体与成熟体之间、异构体之间(成熟体剪切位点相差1-2个碱基)。
针对这些问题，qiagen专利的LNA技术，在不改变miRNA序列的情况下通过对探针某些位点的碱基进行LNA修饰，改变碱基的Tm值，可以实现探针的Tm均一化,同时保证探针的特异性（单碱基区分）和灵敏性。
探针常见的标记种类有很多：地高辛、生物素、氨基，及荧光标记：FAM(同FITC,495/520, 绿色),TYE563(同Cy3:549/563, 黄色),TYE665(同Cy5:645/665, 红色),分双端标记和单端标记2种类型，双端标记信号的放大效果优于单端标记，但价格也贵些。
关于对照探针，阴性对照探针，为排除背景干扰；阳性对照探针：常选各组织细胞中都会稳定表达且高表达的基因，比如U6,用来摸索实验流程。对于FFPE样本等疑难样本，推荐杂交试剂盒miRCURY LNA miRNA ISH Buffer Set (FFPE)（cat:339450）
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