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由于成熟体miRNA序列极短,普通miRNA探针存在2大问题:1,与靶向miRNA的亲合力受miRNA序列中GC含量差异而差别很大;2,miRNA同源性高:前体与成熟体之间、异构体之间(成熟体剪切位点相差1-2个碱基)。
针对这些问题,qiagen专利的LNA技术,在不改变miRNA序列的情况下通过对探针某些位点的碱基进行LNA修饰,改变碱基的Tm值,可以实现探针的Tm均一化,同时保证探针的特异性(单碱基区分)和灵敏性。
探针常见的标记种类有很多:地高辛、生物素、氨基,及荧光标记:FAM(同FITC,495/520, 绿色),TYE563(同Cy3:549/563, 黄色),TYE665(同Cy5:645/665, 红色),分双端标记和单端标记2种类型,双端标记信号的放大效果优于单端标记,但价格也贵些。
关于对照探针,阴性对照探针,为排除背景干扰;阳性对照探针:常选各组织细胞中都会稳定表达且高表达的基因,比如U6,用来摸索实验流程。对于FFPE样本等疑难样本,推荐杂交试剂盒miRCURY LNA miRNA ISH Buffer Set (FFPE)(cat:339450)