AllPrep DNA/RNA FFPE Kit可使用同一样本纯化DNA和RNA，而不需将样本分为两份再分别进行纯化操作。如将样本分为两份分别纯化DNA和RNA，其纯化出的DNA和RNA来自不同的细胞群落，可能具有不同性质特征。从同一样本中同时纯化DNA和RNA可减少浪费，因为FFPE样本是十分珍贵的样本，通常很难恢复且样本量少。

FFPE样本甲醛固定过程中，会引起核酸与核酸间，核酸与蛋白间的交联，AllPrep DNA/RNA FFPE Kit创新的解交联技术，可最大程度上逆转福尔马林化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解。FFPE样本要在优化的裂解缓冲液中孵育，使得RNA释放出来，而DNA形成沉淀。离心后，将含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分别处理，纯化RNA和DNA。再次进行孵育有一定的解交联作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute离心柱纯化RNA和DNA。用柱上DNA酶处理纯化的RNA，以有效去除DNA污染。根据RNA与离心柱的结合情况，纯化的RNA中可含有也可不含miRNA等小RNAs。

由于固定和包埋，FFPE样本中的核酸通常都严重片段化，核酸的分子量通常小于从新鲜或冷冻样本中分离出的核酸的分子量。从同一FFPE样本中分离DNA和RNA面临着很大困难：片段化的DNA长度短，且部分是单链结构；因此其更像RNA，而非完整的DNA。设计PCR和RT-PCR的扩增产物长度尽可能短点）。在cDNA合成中，应使用基因特异性引物，而非oligo-dT引物。如果无法使用基因特异性引物，则可使用任意引物。